《神仙奇方999》分为三篇,根据方名中分别含有“神”、“仙”、“奇”字的不同,各归于神方篇、仙方篇或奇方篇。如果一个方名中同时含有“神”、“仙”、“奇”三字中的两字或三字,则以奇方篇优先、仙方篇其次的原则划归,如神奇散、奇效仙方、神仙奇方都归奇方篇,神仙丹、神效仙方都归仙方篇等。