《药师经法研究(第3、4辑)》主要内容包括:通序别序、十三上首表、十三上首判释、八大菩萨、无尽意菩萨、文殊请问、药师物语、四大、五行、色息心法之配摄、“此”之说明、七佛药师远近去此、七佛药师大定、七佛药师试摄日月五星、净秽一、无、双、七佛名号、七佛国土等。